食品中的生物危害可分为：①细菌；②病毒；③真菌（霉菌、酵母）；④寄生虫；③藻类。一般而言，霉菌和酵母不会引起食品中的生物危害（虽然某些霉菌、藻类能产生有害毒素，但是通常将这类毒素纳入化学危害的范畴），所以本节只讨论细菌、病毒、寄生虫引起食品的生物危害，以及其导致的食源性疾病。

危害分析中常见的细菌、病毒和寄生虫危害见表2-1。美国国家食品微生物专业委员会

（The International Commission of Microbiological Specifications for Food,ICMSF） 根据这些有害微生物的危险性将其分成三类：①严重危害；②中等危害，但是具有广泛传播性，且对某些敏感性体质的人或患并发症的病人具有严重危害；③中等危害，经常引起爆发性疾病，不过传播范围有限（表2-1）。如果根据导致危害的微生物分类，可将生物危害分成：细菌危害、病毒危害、真菌危害、寄生虫危害等。